Nueve años después del establecimiento de Keren Hayesod, se estableció el brazo implementador del movimiento sionista: la Agencia Judía. Mientras Keren Hayesod era responsable de recaudar fondos y distribuirlos de la manera más adecuada a las diferentes entidades ejecutoras de proyectos prioritarios nacionales, la Organización Sionista descubrió la necesidad de establecer un organismo ejecutor, que estuviera en condiciones de conducir y concretar proyectos de envergadura diversa. Los caminos de Keren Hayesod y la Agencia Judía están entrelazados. El Keren Hayesod es el organismo financiador y la Agencia Judía el brazo ejecutor, y entre los dos hay una asociación activa con resultados altamente positivos. Desde el establecimiento de la Agencia Judía y hasta el día de hoy, ambos han colaborado en diversos proyectos y aportado conjuntamente al renacimiento del país y a su muy significativo desarrollo y fortalecimiento a partir de la Declaración de su Independencia en 1948.
La Agencia Judía trabaja principalmente en las áreas de inmigración y absorción, y es responsable de haber implementado la llegada e integración al país de más de 3 millones de nuevos inmigrantes desde 1948, en forma paralela al establecimiento de más de 450 asentamientos urbanos y rurales en todo su territorio. La Agencia Judía también trabaja en los campos de la educación y el bienestar comunitario y, conjuntamente con Keren Hayesod, estrechando los vinculos entre los judíos de Israel y la Diáspora.